Tujuan Usaha Kesehatan Sekolah adalah untuk mencapai potensi maksimal yang ada pada anak didik, sebab dengan usaha menjalankan Usaha Kesehatan Sekolah diharapkan kita mendapatkan anak didik yang
sehat jasmaniah, rohaniah dan sosial, yaitu :
a. Tumbuh dan berkembang sesuai umurnya.
b. Memiliki sikap, tingkah laku dan kebiasaan sehat.
c. Tidak mempunyai kelainan dan mengidap penyakit (Soepeno, 1984:49)
Adapun tujuan Usaha Kesehatan Sekolah menurut Mu’rifah dan Hardianto Wibowo, (1992: 131), adalah:
a. Tujuan umum Usaha Kesehatan Sekolah adalah untuk meningkatkan kemampuan hidup sehat dan derajat kesehatan peserta didik serta menciptakan lingkungan sehat, sehingga memungkinkan pertumbuhan dan perkembangan yang harmonis dan optimal dalam rangka pembentukan manusia Indonesia seutuhnya.
b. Tujuan khusus Usaha Kesehatan Sekolah adalah untuk memupuk kebiasaan hidup sehat dan mempertinggi derajat kesehatan peserta didik yang didalamnya mencakup:
1) Memiliki pengetahuan, sikap dan keterampilan untuk melaksanakan prinsip-prinsip hidup sehat serta pertisipasi aktif dalam usaha peningkatan Usaha Kesehatan Sekolah dan perguru Penjas orkesan agama, di rumah tangga, maupun di lingkunganmasyarakat.
2) Sehat, baik dalam arti fisik, mental maupun sosial.
3) Memiliki daya hayat dan daya tangkal terhadap pengaruh buruk, penyalahgunaan narkoba dan sebagainya. Mengingat pentingnya tujuan dari UKS, maka pelaksanaan UKS di sekolah-sekolah perlu ditingkatkan, baik dari segi sarana dan prasarana maupun pelaksanaan program-program yang ada di dalam UKS itu sendiri.